1859. március 6-án Török Pál, a pesti református egyház akkori főesperese benyújtott az egyháztanács elé egy iskolát létrehozó szándékot kifejező okiratot. Terve megvalósításában nagy segítségére volt Gönczy Pál, aki a gimnázium megalakulása érdekében felajánlotta saját magániskoláját. Ennek köszönhetően 1859. november 3-án egy Kálvin téri épületben megalakulhatott a gimnázium. A tanítás olyan híres tanárokkal folyt, mint például Gyulai Pál, Thaly Kálmán és Ravasz Árpád, és olyan híres tanítványok érettségiztek a gimnáziumban, mint Gárdonyi Géza, Csonka János, Szent-Györgyi Albert, Amerigo Tot, Beöthy Zsolt és Bächer Mihály (zongoraművész). Mivel az iskola jó híre egyre terjedt, mind több és több diák jelentkezett ide, így a hely szűkké vált.

A helyzet akkor oldódott meg, amikor 1943. október 31-én az iskola birtokba vehette új épületét a Lónyay utcában, amelyet a lelkes hívők adományaiból építettek fel. Kiváló tanárok, mint Áprily Lajos, Sain Márton, Benda Kálmán, Gombos Imre, Draskóczy István és további híres növendékek, mint Devecseri Gábor, Farkas Ferenc (zeneszerző), Finta József, Jékely Zoltán, Borzsák István, Ritoók Zsigmond öregbítették hírnevét. Azonban a háború végeztével nem sokáig működhetett tovább a gyönyörű új iskola: elérte az egyházi intézmények legtöbbjének sorsa. 1952-ben államosították.

Sok nagyszerű tanítvány, köztük több, még ma is élő akadémikus, vallja, hogy amit életében sikerült elérnie, abban meghatározó szerepe van annak a neveltetésnek, amelyben egykori Alma Materében, a Lónyayban részesült. Hosszú várakozás után az 1993/94-es tanévben, ha nem is az eredeti épületben, de újra megindulhatott a tanítás ebben a nagy hírű gimnáziumban. Ekkor kezdődött az iskola újabb kálváriája: az eredeti épület visszaszerzéséért folytatott keserves küzdelem, amelynek során nem egyszer vonultak utcára a diákok, tanárok és szülők békésen tüntetni. Évekig folyt az albérletben való tanítás, majd a kitartó küzdelem meghozta gyümölcsét. A 2000/2001-es tanévet már eredeti helyén kezdhette meg az iskola, abban az épületben, amelyet súlyosan elhanyagolt állapotából a rövid nyár alatt kellett használható állapotba hozni. Ma már, bár még mindig nagyon sok tennivaló van, diákjaink egy folyamatosan szépülő és korszerűsödő iskolaépületben tanulhatnak.